Sylabus
- Úvod. Existující nukleotidové a proteinové databáze.
- Sekvenční podobnost DNA, RNA a protenů.
- Efektivní vyhledávání v databázích proteinových sekvencí.
- Vyhledávání motivů.
- Vícenásobná sekvenční podobnost.
- Stavba fylogenetických stromů.
- Algoritmy pro uření podobnost proteinových struktur
- Predikce proteinové struktury.
Anotace
Přednáška představí aktuálně používané algoritmy a přístupy pro analýzu DNA, RNA a proteinů.
Především půjde o algoritmy pro podobnostní modelování sekvencí a struktur biomolekul, fylogenetickou analýzu a predikci struktury.
Studenti se také dozví, jaké existují hlavní repositáře souvisejících biologických dat, jaká je struktura těchto dat a jak s nimi pracovat na programové úrovni.