Proseminář počítačové fyziky

Sylabus

1. Pocitacova fyzika - velke projekty soucasnosti: http://www.worldcommunitygrid.org/ http://www.jamstec.go.jp/esc/index.en.html http://www.illustris-project.org/

2. Simulace mnohočásticových systémů - metoda molekulární dynamiky.

3. Simulace proudění tekutin - numerické řešení Navier-Stokesových rovnic.

4. Metoda Monte Carlo.

5. Algoritmus pro fyzikálně korektní fotorealistické vykreslení 3D scény.

6. Vývoj hardwarových prostředků pro náročné numerické výpočty (www.top500.org)

7. Superpočítačové MetaCentrum (https://metavo.metacentrum.cz/) - přihlášení, dostupné softwarové balíky, spouštění úloh.

8. OpenMP - jak lze prostřednictvím 2-3 řádků vsunutých do programu 80x urychlit numerický výpočet na výpočetním uzlu klastru Zewura.

9. MPI - jak přimět počítače na opačných koncích republiky provést výpočet společně.

10. CUDA - demonstrace enormního výpočetního výkonu poskytovaného současnými grafickýcmi kartami.

11. Molekulárně dynamické simulace biomolekul.

12. Jak počítač vymýšlí strukturu potenciálního léku (http://autogrow.ucsd.edu/).

13. "Alchymistické" výpočty volné energie vazby potenciálního léku k cílové biomolekule.

Anotace

Seznámení se základy počítačové fyziky. Vhodné pro posluchače 2.r. oboru fyzika.