Sylabus
Úvod do teorie výpočetní složitosti
Optimalizace programu:
- měření výkonu, profilování
- optimalizace cyklů
- optimalizace rozloženi v paměti
- řídké a jiné speciální matice
- knihovny pro lineární algebru: LAPACK, BLAS
- využití specifik architektury (např. SSE instrukce, velikost cache)
- paralelizace (shared / distributed memory)
- specifika vybraného jazyka (především Fortran 95/2003, C/C++, Matlab)
- možnosti kompilace
Provádění výpočtu:
- práce s distribuovanými systémy řízení úloh a zdrojů, seznámení se Sun Grid Engine
- přehled dostupných výpočetních zdrojů v ČR
Aplikace:
- Řada skutečných fyzikálních problémů pro otestování a upevnění získaných poznatků
- Možnost zařazení studentem navrženého problému
- Ukázka v praxi řešené úlohy: výpočet elektronové struktury
Anotace
High performance computing ve fyzice. Obecná pravidla, základní postupy v programování těchto úloh
(optimalizace, paralelizace), spouštění úloh na výpočetních clusterech a další praktické aspekty. Pro 1. a 2. nmgr fyzikálních oborů nebo PGDS. Předpokladem je absolvování předmětů Numerické metody počítačové fyziky nebo Úvod do programování v prostředí MATLAB apod., schopnost základní práce se systémy Unix/Linux.