Principy počítačů pro bioinformatiky

Sylabus

- Architektura počítačů, procesor, instrukce, paměť, bitové operace

- Lineární adresový prostor (paměť, soubor,…), pozice v LAP, pointery

- Nízkoúrovňové číselné reprezentace, převody, přesnost, základní reprezentace textu, kódování

- Vybrané datové formáty (CSV, JSON, XML, reprezentace grafiky + řídké matice, trénování reprezentace dat + deep learning, běžné datové formáty v bioinformatice), efektivita datové reprezentace

- Překladače, kompilované vs. interpretované jazyky, runtime, časová náročnost

- Operační systémy, procesy, virtuální paměť, souborový systém

- Paralelní a distribuované programování, přístup ke sdíleným datům

Anotace

Předmět je určen studentům 1. ročníku programu Bioinformatika a pokrývá základní znalosti o fungování PC, vytváření, ukládání a efektivní zpracování dat.

Předmět má za cíl zaměřit se především na obvyklé problémy a chyby, které vznikají v praxi kvůli nedostatečné znalosti těchto principů.

Součástí předmětu budou ukázky konkrétních řešení v jazyku Python.