Patologická fyziologie je významným přechodným oborem mezi základní fyziologií člověka a klinickými předměty nejen u lékařsky ale i nelékařsky specializovaných studentů. Jejím hlavním úkolem je pochopit souvislosti mezi příčinami vzniku nemocí a následným rozvojem chorob včetně diagnostických prognóz. Umožňuje vytvářet relativně kvalifikované závěry možného vývoje poruch a nemocí, mající specifický průběh i ve vztahu k farmakoterapii.
Předmět je zaměřen na propojení teoretických znalostí a praktických dovedností z oblasti fyziologie člověka a ostatních klinických oborů.