Postgraduální doktorské studium není členěno na "předměty" ani "tématické bloky", ale probíhá podle individuálních studijních plánů.
Pro studenty daného oboru jsou vypisovány semináře doktorandů, které jsou tradiční platformou setkávání a vzájemné komunikace doktorandů s akademickými pracovníky, místem dalšího odborného vzdělávání a jedním z nástrojů zapojování studentů do vědeckých projektů příslušných akademických pracovišť.
Konkrétní podoba semináře závisí na proměnlivých faktorech, zejména na počtu (interních) doktorandů a tématickém zaměření jejich disertačních projektů. K nim se osnova kursu může vztahovat přímějším i méně přímým způsobem. Lze je kupř. konfrontovat anebo naopak zužitkovat jejich společné jmenovatele. Stejně tak je ale možné integrovat vybrané aspekty, jež s jednotlivými projekty souvisejí, do rámce, určeného předně badatelskými zájmy školitelů či zaměření pracoviště.
Pedagogický důraz je v každém případě kladen jednak na metodologické zpevňování i prohlubování přístupu studentů, jednak na rozšiřování jejich rozhledu v oboru (včetně mezioborových souvislostí), působící proti uzavírání v příliš úzkém zájmovém poli a v tomto smyslu i proti předčasné specializaci.
Semináře doktorandů se zaměřením na historickou teologii a na systematickou teologii se mohou konat také společně.