Postgraduální doktorské studium není členěno na "předměty" ani "tématické bloky", ale probíhá podle individuálních studijních plánů.
Pro studenty daného programu jsou však každoročně vypisovány semináře doktorandů, které jsou tradiční platformou setkávání a vzájemné komunikace doktorandů s akademickými pracovníky, místem dalšího odborného vzdělávání a jedním z nástrojů zapojování studentů do vědeckých projektů příslušných akademických pracovišť.
Seminář vych ází z potřeb studentů, kteří pokrývají spektrum dílčích oborů praktické a ekumenické teologie.
Zahrnuje jednak metodologickou průpravu a studentské prezentace průběžných výsledků dosavadního bádání i jejich kritický rozbor. Cílem této části semináře je naučit studenty zřetelně formulovat postup vlastní práce, zřetelně formulovat její výsledky a umožnit studentům vzájemnou diskuzi ohledně těchto výsledků, vybudovat jejich kompetenci hájit i kriticky posuzovat svá stanoviska i stanoviska druhých. Druhá část semináře je orientována na nové poznatky v oboru. Zde se jedná jednak o četbu a komentář vybraných textů k tématu, které souvisí s bádáním studentů a vede je na větší hloubku ve vlastním oboru i k mezioborové diskusi (v minulosti těmito tématy byly např. hermeneutika zkušenosti, vztah mezi kritickými a před-kritickými metodami výkladu Písma v různých konfesích, kulturní a ideologický vliv na teologii v komunistické a post-komunistické době, pohostinnost a otevřenost vůči druhému v teologickém personalismu). Tato část semináře obvykle zahrnuje také přípravu tematické mezinárodní konference. Studenti mají jednak povinnost aktivně se podílet na přípravách konference, dále prezentovat zde výsledky své práce v cizím jazyce a aktivně se zapojit do diskusí se zahraničními odborníky v některém ze světových jazyků. Náplň druhé části semináře i téma konference se určuje po dohodě s účastníky v návaznosti na aktuální priority a probíhající vědecké projekty pracovišť, případně dle aktuální nabídky vedoucích semináře (např. v případě hostujících profesorů).