Studentům jsou v každém ročníku nabídnuty nejméně dva volitelné semináře s teologickými tématy, která jsou pro obor klíčová. Jsou doplněním nebo rozšířením přednášek a seminářů z povinné části. Jeden seminář v ZS a druhý v LS.
Tematické teologické semináře mají za cíl na vybraných tématech podniknout sondy do jednotlivých teologických oborů a jejich způsobu práce. Na výuce se podílejí vyučující jednotlivých oborů, případně hosté z domácích nebo zahraničních odborných pracovišť (tj. především teologické fakulty).
Příklady témat:
II. Vatikánský koncil – 50 let od jeho zahájení;
Milost v historické a systematickoteologické perspektivě;
Čtení, překlad a výklad posvátných textů v křesťanství, židovství a islámu;
Erós a religio;
Konverze;
Mystika v různých náboženstvích,
Christologie v teologii osvobození
Eklesiologie v ekumenických dokumentech
Pojetí úřadu v hlavních křesťanských tradicích
Ekumenická misiologie
Podmínkou k získání zápočtu je aktivní účast na semináři a vypracování referátu dle zadání vyučujícího (5-8 stran).