Úlohy řešené v průběhu praktik:

1. Konstrukce bakteriálního expresního vektoru, produkce a purifikace GFP. Jedná se o jednu z nosných úloh praktika, v jejímž průběhu si studenti osvojí základní postupy molekulárně biologické praxe jako je PCR, restrikční štěpení, agarózová elektroforéza, izolace DNA z gelu, ligace, různé typy transformace transformace bakterií, neradioaktivní hybridizace pomocí digoxigeninem značené sondy, minipreparace bakteriální plasmidové DNA, produkce rekombinantních proteinů v bakteriálním expresním systému a sledování fluorescence zeleného fluorescenčního proteinu in vivo.

2. Izolace plasmidové DNA a její sekvenace. Jedna z klasických metod molekulární biologie; účastníci praktika vyizolují pomocí tzv. alkalické metody bakteriální plasmidovou DNA, tuto přečistí a následně osekvenují metodou terminace řetězce (tzv. Sangerovo sekvenování). Výslednou sekvenci studenti anotují pomocí molekulárně biologických databází.

3. Izolace proteinů pomocí afinitní chromatografie. V této úloze se studenti naučí produkovat cizorodé proteiny v bakteriálním expresním systému a tyto proteiny následně purifikovat, detekovat a ověřovat jejich funkčnost či aktivity. Součástí této úlohy příprava bakteriálních lyzátů, proteinová elektroforéza v SDS gelech, izolace proteinů pomocí afinitních chromatografií, imunodetekce izolovaných proteinů na pevném nosiči (tj. western blot) a ověření funkčnosti afinitně purifikovaných proteinů pomocí enzymatických přístupů.

4. Práce s reportérovými geny u kvasinek; v průběhu této úlohy se posluchači naučí práci s kvasinkovými kulturami (transformace kvasinek, testování auxotrofií), včetně stanovení normalizované aktivity luciferázy a betagalaktosidázy v kvasinkových lyzátech pomocí luminiscenčních přístupů.

5. Analýza nukleových kyselin; úloha zahrnující několik různých postupů využívaných při izolaci DNA a RNA z kvasinek (izolace chromozomální a plasmidové DNA) a rostlin (izolace celkové RNA včetně následné reverzní transkripce (RT-PCR)).

6. Forenzní analýza DNA; izolace lidské DNA z bukálních výtěrů, určení krevních skupin a STR profilů účastníků praktika včetně následného statistické hodnocení.

7. Fúzní PCR, účastníci tohoto praktického kurzu si vyzkouší jednu z komplikovanější strategií PCR, takzvané fúzní (slučovací) PCR s využitím dvou nezávislých templátových molekul.

8. Stanovení exprese genů s využitím kvantitativního PCR (RQ-PCR); v této úloze budou studenti, pomocí absolutní kvantifikace, stanovovat počet kopií lidského genu naklonovaného v plazmidu, včetně následného statistického vyhodnocení.

9. Teoretické úlohy; průběžně v průběhu praktika (bioinformatika, práce s databázemi, navrhování primerů, vyhledávání genů, výukové molekulárně biologické programy, dvouhybridní systémy, anotace neznámé sekvence in silico apod.).