1. Úvod a vymezení paleoekologie, paleoautekologie, paleosynekologie, paleoekologie vs. ekologie, bosystém, biosféra, ekosystém, biotop, biocenóza, biom, ekologická nika, životní prostředí (mořské, terestrické), ekologická valence, zákon minima, tolerance, stenovalentní, euryvalentní, abiotické ekologické faktory (substrát, světlo, teplota, CO2, O2, tlak, vlhkost, srážky, proudění, salinita).

2. Biotické ekologické faktory, vnitrodruhové a mezidruhové vztahy, populace, paleopopulace (rozmístění jedinců v populaci, hustota populace, mortalita, natalita, migrace, složení populace, kolísání abundance, r a K stratégové), intraspecifické vztahy (society, sociabilita, teritorium), interspecifické vztahy (neutralismus, komenzalismus, protokoperace, mutualismus, amenzalismus, kompetice, parazitismus, predace) chemické interakce (autotoxiny, feromony), allelochemické látky (allomony, kairomony, sinomony, inhibitory), biofágové nekrofágové, tafonomie (biocenosa, nekrocenosa, tanatocenosa, tafocenosa, oryktocenosa), sukcese ekosystému (pionýrské druhy, klimax, rejuvenace), biocenotické principy, trofická struktura společenstva.

3. Sedimentární procesy a jejich záznam; 4. Vybraná sedimentární prostředí a jejich interpretace; 5. Paleoekologie moře; 6. Paleoekologie jezera; 7. Paleoekologie suchozemského prostředí I: suchozemští živočichové;

8. Paleoekologie suchozemského prostředí II: suchozemské rostliny ? abiotické faktory (teplota, srážky, klimadiagram, humidita, aridita, klimatické a vegetační dělení podle Köppena a Wolfa, substrat, rašeliniště);

9. Paleoekologie suchozemského prostředí III: suchozemské rostliny ? fyziognomie, fyziognomická klasifikace rostlin, vegetační patra (E4-E0), adaptace rostlin na specifické podmínky prostředí, paleoekologická rekonstrukce (floristický a fyziognomický přistup), CLAMP a NLR metody, interpretace palynologického záznamu