1. Úvod do evolučního myšlení:
- Co je to evoluce?
- Proč je evoluce důležitá?
- Úrovně organizace organismu
- Dědičná variabilita (evoluce molekul, mutace)
- Fenotypy - interakce genů s prostředím

2. Historie evolučního myšlení:
- Příroda před Darwinem
- Darwinova dědičnost s modifikací
- Přirozený výběr
- Proč "jen" teorie?
- Etika, náboženství a evoluce
- Po Darwinovi - evoluční syntéza

3. Dějiny života na zemi:
- Co říkají horniny?
- Stavební kameny života
- RNA svět a jiné hypotézy o původu života
- Genetický kód
- Hlavní éry života na Zemi
- Hlavní evoluční inovace

4. Strom života:
- Myšlení ve stromech
- Fylogeneze a taxonomie (příbuznost, původ, monofylum, parafylum, polyfylum)
- Maximální parsiomonie, maximální věrohodnost a Bayesovské přístupy
- Znaky (apomorfie, plesiomorfie, homologie, homoplasie)
- Fylogeografie
- Evoluční čas (koalescence, využití fosilií pro datování, molekulární hodiny)

5. Způsoby změny: od posunu k přirozenému výběru:
- Od alel až po populační genetiku
- Evoluční "Nulová hypotéza", neutrální variabilita
- Typy přirozeného výběru
- Prospěšné a škodlivé mutace
- Selekční koeficient
- Rovnováha mezi mutacemi a selekcí
- Průchod hrdlem lahve, příbuzenské křížení a efekt zakladatele

6. Evoluce genů:
- Selekce v čase a prostoru
- Migrace a tok genů
- Rozrůzňující selekce
- Balancující selekce (výběr závislý na frekvenci, výhoda heterozygotů)
- Genové duplikace
- Vazebná nerovnováha
- Genetika kvantitativních znaků
- Evoluce genomu
- Horizontální přenos genů

7. Evoluce fenotypu:
- Evolučně stabilní strategie
- Výběr na úrovni jedinců
- Sobecký gen
- Genomové konflikty
- Evo-devo

8. Adaptace: propojení genů se znaky:
- Molekulární evoluce (od mutace po proteinové varianty)
- Evoluce proteinů
- Adaptivní krajina
- Detekce adaptací
- Přizpůsobení se prostředí
- Evoluční omezení
- Nedokonalosti v komplexních adaptacích
- Konvergentní evoluce

9. Pohlaví a evoluce životních strategií:
- Proč existuje sex?
- Červená královna
- Nenáhodné párování
- Koncept pohlavního výběru (soutěž mezi samci, samičí volba)
- Fisherův model sexy synů
- Kondičně-závislé znaky a indikátorová hypotéza
- Kryptický pohlavní výběr (mimopárové kopulace, kompetice spermií)
- Konflikt pohlaví
- Meiotický tah

10. Speciace:
- Koncepty druhu
- Typy speciace (mechanismy speciace, prostorové aspekty)
- Modely speciace
- Neúplné třídění linií
- Rychlost speciace
- Radiace
- Kryptické druhy
- Makroevouce (gradualistická vs. punktuacionalistická evoluce, biogeografie)
- Vymírání

11. Koevoluce:
- Síť života (ekologické interakce)
- Mutualismus
- Endosymbióza
- Genomoví parazité
- Antagonismus
- Modely predátor-kořist
- Selekce na variabilitu
- Maladaptace
- Interakce hostitele a parazita
- Evoluční medicína

12. Evoluce chování:
- Evoluce chování
- Socialita
- Skupinový výběr
- Příbuzenský výběr
- Reciproční altruismus
- Konflikty a Teorie her
- Zvířecí kultury a její implikace pro člověka

13. Lidská evoluce:
- Evoluce hominidů
- Evoluce lidských genů
- Průchod hrdlem lahve a nedávný výběr
- Evoluce jazyků
- Stárnutí
- Moderní život
- Opakování všech základních pojmů na příkladu lidské evoluce
- Vyjasnění pojmů založené na dialogu se studenty