Přehled témat (může být upraven podle požadavků účastníků, rychlosti apod.):

Základy práce v R – jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
Práce s Bioconductorem
Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
Stažení sekvencí z databáze
Extrakce SNP ze sekvenačních dat
Extrakce polymorfismu ze sekvencí
Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence, …
Alignment
Manipulace s daty, konverze mezi formáty
Tvorba distančních matic, import vlastních matic
Export dat
Základní statistiky
PCoA
Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
MSN
Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
Práce s celogenomovými SNP daty
DAPC
Prostorové analýzy – Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA, …
Základy tvorby map
Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
Phylogenetic independent contrast
Phylogenetic autocorrelation
Phylogenetic PCA
Ancestral state reconstruction
Další rozšiřující témata…

Prostor pro další speciální otázky účastníků, zápočty a konzultace vlastních dat účastníků bude zejména během posledního dne.