Cílem doktorského studijního programu Speciální pedagogika je příprava vysoce odborně kvalifikovaných pracovníků pro teoretickou a praktickou činnost v oblasti poskytování speciálněpedagogických služeb v nejširším aplikačním pojetí, a to diferencovaně podle struktury oborů speciální pedagogiky se zaměřením na aktuální otázky současné speciální pedagogiky v mezinárodním kontextu. Zásadním přínosem doktorského studia je příprava odborníků pro samostatnou vědeckou práci, směřující k jejich osobnímu odbornému růstu ve prospěch speciální pedagogiky jako moderně koncipovaného vědeckého oboru.