Absolvent doktorského studijního programu Stomatologie ovládá základní formy a metody vědecké práce a je schopen samostatné tvůrčí vědecké činnosti v oblasti stomatologie. Absolvent se uplatní v zavádění novách terapeutických a diagnostických metod a v oblasti prevence stomatologických chorob a onemocnění.

Cílem studia je připravit absolventa pro samostatnou tvůrčí vědeckou práci, nezbytnou i pro jeho další vědecký a pedagogický růst a přinést nové vědecké poznatky v terapeutických metodách, diagnostice a prevenci v oboru stomatologie nebo v oborech souvisejících. Znalosti, dovednosti a schopnosti uplatní v jak v klinické praxi, tak i ve výzkumu a vzdělávání.