Absolvent je vybaven ucelenými znalostmi anorganické, analytické, fyzikální, organické chemie a biochemie i molekulární biologie a genetiky. Ovládá pokročilé techniky organické syntézy a charakterizace sloučenin a návrhu a testování biologicky aktivních látek.

Je připraven na navazující doktorské studium nebo na uplatnění v praxi. Absolvent studjního programu „Medicinální chemie“ nalezne uplatnění zejména ve výzkumných laboratořích zabývajících se návrhem, vývojem a optimalizací léčiv (včetně makromolekulárních) a v útvarech státní správy nebo ve firmách zabývajících se distribucí chemikálií, léčiv nebo laboratorních přístrojů.