Vzdělání v doktorském studijním programu „Církevní a obecné dějiny“ poskytuje absolentům intelektuální a právní kvalifikaci pro výuku historie na teologických, filozofických a pedagogických fakultách vysokých škol v ČR i v zahraničí, pro odbornou práci na specializovaných historických pracovištích (ústavy akademie věd, archivy, muzea), případně v nakladatelstvích či v redakcích odborných časopisů. Absolvent je schopen samostatné vědecké práce.