Při studiu doktorského programu Teoretické a evoluční biologie absolventi získají kromě základního penza biologických znalostí vhled do širších souvislostí mezi biologickými procesy a jejich evolucí na mnoha úrovních biologické hierarchie. Důraz je kladen na modelování a interpretaci biologických jevů, a to jak statisticko-matematické, tak i metodologicko-filosofické, opírající se o filosofii biologie, epistemologii, dějiny biologických teorií, a další relevantní oblasti.

Absolvent je veden k samostatné práci a vyhodnocení vybrané problematiky, a především samostatné publikační činnosti dle současných mezinárodních standardů. Absolventi jsou schopni své znalosti uplatnit, samozřejmě dle zaměření své doktorské práce, jakožto členové pracovních skupin ryze biologických, ale i flexibilně reagovat na transdisciplinární výzvy.