Absolvent oboru Protistologie je znalcem diverzity, ekologie a evoluční historie protistních mikroorganismů. Disponuje znalostmi, které se opírají o mikroskopické i experimentální metody získávání biologických dat.

Je schopen získávat a analyzovat molekulární data pro fylogenetiku i výzkum diverzity s použitím statistických nástrojů. Zvládl metody kultivace protist a jejich izolace z přírodního materiálu.

Je vyškolen v pokročilých mikroskopických metodách zahrnujících konfokální a elektronovou mikroskopii. Absolvent může pokračovat ve vědeckém rozvoji v doktorském studiu biologických oborů.

Absolventi se uplatňují v oblastech biotechnologií, hygieny, vodohospodářství, potravinářství, či ekotoxikologii.