Absolvent má teoretické i praktické (metodické) znalosti zahrnující obecné i speciální aspekty vodní ekologie v celé šíři oboru od ekofyziologie a molekulární ekologie přes autekologii, vnitro- a mezipopulační interakce po ekologii velkých měřítek (společenstva, ekosystémy, fylogeografie), s akcentem na překonání taxonomicky vymezených (botanika x zoologie) barier. Ovládá moderní postupy v analýze kvantitativních dat a modelování ekologických procesů.

Absolvent je vybaven k další vědecké přípravě a samostatné výzkumné práci v oboru, i k odborné a metodické práci v oblastech ekologické expertizy, analýz a monitoringu ve státní správě a soukromém sektoru.