Absolventi magisterského studijního programu Hydrologie a hydrogeologie získají obecné a specializované znalosti o jevech a procesech v hydrosféře a vlivech lidské společnosti na zásoby a oběh vody na Zemi včetně ovlivnění jakosti povrchových a podpovrchových vod. Během studia získají poznatky z hydrologie, hydrogeologie, hydrochemie a úpravy vody, znalosti o vodních ekosystémech a zvládnou metody terénního průzkumu, laboratorní analytické práce, DPZ, GIS a základy numerického modelování.

Absolvent je schopen samostatně řešit dílčí i komplexní úlohy a zvyšovat svou odbornou kvalifikaci. Je připraven jak k další výzkumné práci tak i k praktické činnosti ve sféře státní správy nebo v soukromé sféře.