: Distribuce genotypů divokých kmenů viru varicella-zoster (VZV) v severní a jižní Evropě: důkaz vysoké stability cirkulujících genotypů
Abstrakt
Fylogenetická analýza 19 kompletních genomových sekvencí VZV rozdělila kmeny divokého typu viru do 5 genotypů (E1, E2, J, M1 a M2). Kompletní sekvence kmenů M3 a M4 nebylo možné získat.
Sekvenční analýza izolátů VZV identifikovala pro každý genotyp společné i specifické znaky a validovala uvedenou strategii genotypizace. Není žádný důkaz, že by docházelo k rekombinacích v rámci jednoho genotypu. 5 ze 7 genotypů VZV bylo spolehlivě rozlišeno za použití pouze 4 jednoduchých nukleotidových polymorfismů (SNP) přítomných v ORF22, a genotypy E1 a E2 byly rozlišeny pomocí SNP lokalizovaných v OFR21, ORF22 nebo ORF50.
Sekvenční analýza 342 klinických vzorků varicelly a posteru z 18 evropských zemí identifikovala rozložení genotypů VZV: E1, 221 (65%); E2, 87 (25%); M1, 20 (6%); M2, 3 (1%); M4, 11 (3%). Kmeny genotypů M3 ani J nebyly nalezeny.