Fylogenetické analýzy ukázaly, že volně žijící trichomonády netvoří monofyletickou skupinu, ale že se odvětvují na různých místech fylogenetického stromu. Osekvenovali jsme SSU rDNA tří izolátů volně žijících trichomonád.
Naše data ukázala, že volně žijící trichomonády P. keilini a Lacusteria cypriaca n. gen., n. sp. tvoří parafyletickou asambláž na bázi linie skládající se převážně z parazitických trichomonád.