Spolehlivé docking/scoring schéma založené na semiempirické kvantověmechanické metodě PM6-DH2 přesně pokrývající disperzi a H-vazbu: HIV-1 proteasa s 22 ligandy.

Abstrakt

Vývoj spolehlivého rescoringového schématu pro komplexy protein-ligand založené na semiempirické metodě PM6-DH2. Schéma neobsahuje žádný přidaný empirický parametr ani pro jednotlivé komponenty, ani pro komplex.

Schéma je testováno na systému HIV-1 proteasy a jejích ligandů.

Klíčová slova

• docking/scoring
• semiempirická kvantověmechanická metoda PM6-DH2
• disperze
• H-vazba
• HIV-1 proteasa
• ligand