Počátky vysokoškolského vzdělávání tělovýchovných odborníků spadají do roku 1892, kdy svoji činnost zahájil Vzdělávací kurz pro učitele na středních školách. Značná část výuky kurzu byla věnována zdravotnímu významu tělesných cvičení.
Plnohodnotného vzdělávání se však tělovýchovným odborníkům dostalo až zalo žením Institutu tělesné výchova a sportu v roce 1953. V roce 1959 se Institut tělesné výchovy a sportu stal jednou z fakult Univerzity Karlovy a od roku 1965 nese název Fakulta tělesné výchovy a sportu.
V roce 1982 bylo fakultě zahájeno studium Fyzioterapie, tehdy ještě pod názvem rehabilitace. Po pádu komunistické moci prošlo československé a české vysoké školství výraznými změnami dané především zákony o vysokých školách z roku 1990 a 1998, které se pochopitelně také promítly do podoby vzdělávacího procesu na Fakultě tělesné výchovy a sportu Univerzity Karlovy.