Fokální afekce CNS jsou význačnou příčinou morbidity i mortality pacientů s HIV infekcí. V podmínkách nízké prevalence HIV infekce je u pacientů s projevy fokálního postižení CNS bohužel na tuto souvislost pomýšleno zřídka, a opožďuje se tak stanovení správné diagnózy, což může mít pro prognózu zásadní význam.
Nejvýznamnějšími příčinami fokálního postižení CNS je u těchto pacientů mozková toxoplazmóza a primární lymfom CNS následovaný progresivní multifokální leukoencefalopatií. Etiologie ostatních ložiskových afekcí CNS se u HIV pozitivních osob zásadně neliší od situace v normální populaci, ale incidence těchto poruch CNS je u HIV pozitivních pacientů vyšší.
Při diferenciální diagnóze u pacientů s ložiskovými afekcemi CNS by proto měla vždy být zvažována i možná souvislost s HIV infekcí, aby mohla být včas stanovena správná diagnóza, kdy má léčba největší naději na úspěch