Povodí Jizerských hor jsou dlouhodobě ovlivněna kyselou atmosférickou depozicí a redukcí smrkových porostů. Byl zaznamenán pokles roční evapotranspirace a podílu základního odtoku.
V povrchových vodách došlo k drastickému okyselení a nárůstu toxické frakce Al, což mělo za následek úbytek planktonních i bentických organismů a vyhynutí ryb.