Využití sekvenční analýzy divokých kmenů viru planých neštovic (VZV) v epidemiologické a evoluční charakterizaci VZV, se zaměřením na epidemiologickou situaci v České republice
Abstrakt
V naší studii jsme podrobili molekulárně genetické analýze soubor 153 klinických vzorků, pocházejících výhradně z České republiky. Sběr byl uskutečněn mezi roky 2005–2009.
Metoda real-time PCR detekující markery v oblastech ORF 38, 54 a 62 umožnila rozlišení mezi divokými a vakcinačními kmeny VZV. Typizace jednotlivých divokých kmenů pak byla vyšetřena pomocí sekvenační analýzy fragmentů deoxyribonukleové kyseliny (DNA) z oblasti ORF 21, 22 a 50, se zaměřením na zachycení změn v jednotlivých nukleotidových bázích, tzv. single nucleotide polymorphism (SNP).
Z celkového počtu 153 vyšetřených klinických vzorků bylo 95 případů určeno jako varicella a 57 případů jako zoster. Jeden vzorek byl VZV negativní.
Všech 152 pozitivních případů patřilo mezi divoké kmeny VZV, z toho 71 (tj. 47 %) bylo vyhodnoceno jako E1 kmen a 81 (tj. 53 %) bylo typizováno jako E2 kmen. Do vyšetřované skupiny pacientů nebyli zahrnuti ti, kteří v dotazníku udali pozitivní informaci o očkování proti VZV.