Abstrakt
Mnoho organismů obsahuje repetitivní DNA ve svých genomech. Tyto repetice jsoupřevážně lokalizovány do extragenových částí.
U některých se předpokládá, že mají regulační funkci. Jedna z těchto skupin jsou Repetitivní extragenomové palindromatické repetice (REPs). zaznamenali jsme vztah mezi těmito REP elementy a slupinou tyrosinových transponáz typu IS200/IS605 REP asociované tyrosinové transponázy RAYT).
A provedli jsme rozsáhlou bioinformatickou analýzu sekvencí bakteiálních genomů. Geny kodující tyto transponázy byly vždy doprovázeny REPs v inverzní orientaci a jsou evolučně komzervované.
Všechny REPs obsahují 5'-GT(A/G)G-3' tetranukleotid a neúplný palindrom ve směru transkripce. REPs jsou druhově i kmenově specifické a vyskytují se většinou jsou doprovázeny svými transponázami.Jsou obsaženy v genomech enterobakterií, Pseudomonas, Xanthomonas a Stenotrophomonas gammaproteobakterií a Verrumicrobia, kde jsou obklopeny REPs a ty jsou v genomu distribuovány ve značném množství.