Příčina malnutrice u Crohnovy choroby je multifaktoriální, na jejím vzniku se mohou podílet snížený příjem potravy, malabsorpce, syndrom bakteriálního přerůstání, syndrom krátkého střeva, maldigesce, zvýšený energetický výdej, kouření a ztráty nutrientů. Samostatnou problematiku představují karenční syndromy a metabolická kostní nemoc.