Diagnostická indikace bronchoskopie staví na údajích anamnestických, klinických příznacích a patologických výsledcích provedených vyšetření, nejčastěji rentgenového snímku hrudníku. Naprostá většina bronchoskopií se v současné době provádí pomocí flexibilních (video)bronchoskopů.
Kontraindikace bronchoskopie jsou ve srovnání se seznamem indikací zřídkavé.