Pramen Svatý Vojtěch hrál od středověku až po 20. století rozhodující úlohu v zásobování Kutné Hory pitnou vodou (Lipský 1990). Kvůli znehodnocení pitné vody dusičnany a bakteriálním znečištěním se voda pramene po téměř pěti stech letech přestala využívat.
V povodí pramene bylo v uplynulých deseti letech provedeno velké množství měření a analýz, na jejichž základě je možné charakterizovat typy pórozity, určit jejich objem a rychlosti proudění, jakož i popsat zdroje vody a chemických látek v prameni a jejich časové změny. V povodí pramene lze rozlišovat dva diametrálně odlišné typy pórozity: 1. prostředí se základní pórozitou (průliny a pukliny) má objem vody zhruba 3 000 000 m3 a voda v ní tráví okolo 23 let; 2. krasové kanály, které drénují prostředí se základní pórozitou, mají objem okolo 1200 m3 a voda v nich tráví v závislosti na vodním stavu 6-20 hodin.
Maximální rychlost proudění v krasových kanálech dosahuje za nejvyšších průtoků až 15 km/den. Pramen je dotován dvěma zdroji vod: vodou z rozptýlené infiltrace (autochtonní i alochtonní) a vodou z drenážních rour zaústěných do závrtů, které odvodňují půdní zónu alochtonní infiltrace.
Podíl vody z drenáže dosahuje 0-66 % celkové vydatnosti pramene v závislosti na vodním stavu. Vody prvního zdroje mají vyšší koncentrace všech iontů s výjimkou dusičnanů.