Kapslová endoskopie je v současnosti endoskopickým vyšetřením první volby při nutnosti zobrazení tenkého střeva. Výhodou je její miniinvazivita, nevýhodou ekonomická náročnost a především u některých nemocných riziko retence kapsle (Crohnova choroba, léčba nesteroidními antiflogistiky, anamneza radioterapie, subileozních stavů apod.).