Metabolická kostní nemoc může komplikovat řadu chronických chorob trávicího traktu. Delší dobu může probíhat asymptomaticky a projevit se až některou závažnou komplikací, především frakturami.
Nejčastějším typem metabolické kostní nemoci komplikujícím choroby gastrointestinálního traktu je sekundární osteoporóza, osteomalacie je méně častá. Přestože je metabolická kostní nemoc léčitelná, primárním přístupem musí být prevence.