Antipsychotika se ukazují jako rizikový faktor, který může přispět ke vzniku kardiovaskulárních, metabolických či endokrinních poruch. Léčba antipsychotiky je také spojena se zvýšeným rizikem vzniku žilní trombózy a/nebo plicní embolie.
Tato souvislost není potvrzena důkazy z dvojitě slepých studií. Na vzniku žilního tromboembolizmu se podílí řada rizikových faktorů.
Riziko je nejvyšší v prvních třech měsících podávání. Proto je zejména v počátku léčby potřeba na možnost vzniku této komplikace myslet.