Intraoperační enteroskopie je invazívní metodou k vyšetření celého tenkého střeva. Navzdory tomu, že byla do praxe zavedena dvojbalonová enteroskopie, zůstává intraoperační enteroskopie metodou volby pro případy, kde dvojbalonová enteroskopie nemůže být provedena, nebo neumožňuje vyšetřit celé tenké střevo.