Někteří pacienti s imunodeficitem mají také autoimunitní onemocnění. Předchozí asymptomatický deficit protilátek může podmiňovat rozvoj autoimunitních chorob a těžký průběh infekcí s rizikem sepse; takové případy jsou známy u selektivního IgA deficitu.
U selektivních deficitů podtříd IgG je to méně probádáno. Popisujeme průběh a diskutujeme příčiny nečekaně závažné campylobakterové infekce u 19leté dívky s (do té doby nediagnostikovanou) komplexní imunitní poruchou: se selektivním deficitem IgG1, s autoimunitní thyroiditidou (Hashimoto), s hypothyreózou, s (v.s.) autoimunitní adrenalitidou (Addison) a s alergií.