Počátky konventu františkánů observantů v Olomouci jsou přímo spojeny s protihusitskou misií Jana Kapistrána. Konvent se začal budovat "extra muros" v roce 1453.
Vysvěcení kostela roku 1468 bylo okázalou slavností, která vzhledem k přítomnosti Matyáše Korvína nepostrádala politický význam. Vzhledem k velkému množství svěcených oltářů se lze domnívat, že byl kostel k roku 1468 stavebně dokončen.
Chrám a klášterní budovy nebyly zřejmě založeny zcela současně. Obě části ale spojuje linearizující charakter prostoru, architektonický detail i užité materiály.
Ve výstavbě chrámu lze pozorovat několik stavebních fází, dokumentujících změny v projektu stavby. Prostor ovládá jednotná koncepce, charakterizovaná skromným využitím sochařského ornamentu.
Za provenienční východisko stavby je nutno považovat stavbu blízkého kostela sv. Mořice.
Všechny indicie směřují k závěru, že se pracovníci z mořické huti po založení presbytáře přesunuli na finančně zajištěnou stavbu bernardinského kostela. Syntéza znaků z mořického trojlodí a chóru v klášterním kostele ukazuje, že si mořická huť zachovala kontinuitu.
Vzhled středověkých klášterních budov lze rekonstruovat jako uzavřenou čtyřkřídlou dispozici s vnitřním dvorem a zahradou na východě. Ze severu ke křídlům ambitu přiléhal objekt neznámé velikosti, ze západu brána, v pramenech spojovaná s pobytem Jana Kapistrána, a úzký přízemní přístavek skrývající vstup do ambitu.
V charakteru prostorů doznívají tendence lineárního slohu předchozího století. Vzhledem k předpokládané pozdější výstavbě se můžeme domnívat, že se na jejich stavbě již výrazněji nepodílela mořická huť.
Dějiny konventu 90. let 15. století jsou spojeny s působením administrátora olomouckého biskupství Jana Filipce. Z Filipcovy iniciativy mohla být kolem roku 1500 pořízena náročná nástěnná výmalba v trojlodí chrámu.