Autofagie je součástí biologické strategie buňky překonat nepříznivé životní podmínky. Je významnou složkou obrany cytoplazmatického kompartmentu buňky před intracelulárními patogeny.
Abnormity v autofagii jsou jednou z příčin nedostatečné kontroly mikrobiomu střeva nemocných s Crohnovou chorobou a podílejí se na její imunopatogenezi. Deregulace autofagie přispívá k přežívání autoreaktivních T lymfocytů a uplatňuje se tak v imunopatogenezi roztroušené sklerózy.