Amygdala je hlavní strukturou odpovědnou za emoční paměť. Emoční paměť řadíme do nedeklarativní paměti, avšak úzce souvisí a spolupracuje s pamětí deklarativní.
V případě poruchy funkce amygdaly dochází k poruchám paměti nedeklarativní i deklarativní, k poruchám pozornosti a chování.