Poškozující zánět u nemocných s roztroušenou sklerózou mozkomíšní je podmíněn přítomností endogenních signálů nebezpečí, které jsou indukovány nebezpečnými vzory mikroorganismů a jsou důsledkem lokální alterace mozkových struktur. Identifikace signálů nebezpečí prostřednictvím receptorů PRR na buňkách vrozené imunity je následována sestavením inflamasomu, tvorbou prozánětových působků a účinnou prezentací antigenů autoreaktivním T lymfocytům.
Ty vyzrávají ve funkčně odlišné subsety. V patogenezi RS se negativně podílejí subsety Th17 a Th1 T lymfocytů.
Imunoregulační subsety Treg, Tr naopak tlumí poškozující zánět a jejich aktivita je zesílena terapií. Poškozující a reparační procesy v RS jsou ovlivněny i abnormálním průběhem buněčné smrti, tj. nekrózy, apoptózy a autofagie.