Molekulární dynamika [1-3] je založena na změnách poloh atomů v závislosti na silách, které na ní působí - jedná se o výpočet klasické pohybové rovnice. Síly se vypočítají z potenciální energie určené na základě parametrů silového pole.
Molekulární dynamika je vhodná ke studiu časového vývoje systémů za nenulové teploty.