Chlor je přítomen ve všech složkách ekosystémů lesů mírného a chladného pásma jako chloridový ion a/ nebo v chlorovaných organických sloučeninách ( OCls). Přispívá k rozkladu půdní organické hmoty (SOM) a tím také ovlivňuje obsah uhlíku v lesní půdě.
Zásoba OCls v půdě je zřejmě výsledkem rovnováhy mezi chloračními a degradačními procesy. Chlorované organické sloučeniny mají například také funkci antibiotik.
Lesní ekosystém může ovlivnit cyklus chloru, dosud je o tom ale málo známo.