Objemová rekonstrukce vzorků tlustého střeva z fyzických sériových řezů s použitím konfokálního mikroskopu a korekce deformací způsobených krájením pomocí elastické registrace

Abstrakt

Popisujeme soubor metod vedoucí k objemové rekonstrukci z konfokálních dat nasnímaných z velkých biologických preparátů. Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu.

Metody demonstrujeme rekonstrukcí střední části 17denního embrya laboratorní krysy

Klíčová slova

• 3D reconstruction
• elastic registration
• 3D visualization
• confocal microscopy