Gastrointestinální ekosystém je vysoce integrovaný komplex, který zahrnuje střevní mikrobiom, střevní slizniční bariéru a slizniční imunitní systém. Tento komplex zajišťuje látkovou přeměnu, výživu a regulaci slizniční a systémové imunity hostitele.
Probiotika jsou živé mikroorganismy převážně lidského původu, které při podání v přiměřeném množství příznivě ovlivňují zdravotní stav hostitele. V úzké spolupráci s prebiotiky se podílejí na udržování rovnováhy jednotlivých složek gastrointestinálního ekosystému, jejichž poruchy se uplatňují v patogenezi řady chorob včetně masových civilizačních nemocí.
Modifikace střevního mikrobiomu rozumným podáváním antibiotik, probiotik a prebiotik umožní u některých chorob nové terapeutické postupy.