(TTTTA)n polymorfizmus z promotoru genu pro apo(a) a jeho asociace s variabilitou z exonů kringlu IV typ 8 až 10
Abstrakt
Repetice (TTTTA)(n) z promotoru genu pro apo(a) je považována za jednoho z možných kandidátů pro dodatečnou regulaci hladin lipoprotein(a). Oblast kringlu IV typ 8-10 z apo(a) genu byla prozkoumána s cílem najít sekvenční varianty, které by mohly být alespoň z části zodpovědné za popsaný vliv (TTTTA)(n) repetice.
Vyšetřovaný soubor tvořilo 160 nepříbuzných jedinců. Soubor byl vytvořen tak, aby pokrýval dostatečné množství nositelů všech TTTTA(n) alel.
Vybrané exony apo(a) genu byly analyzovány pomocí HRM (High Resolution Melting) metody. Míra vazebné nerovnováhy a frekvence haplotypů byla stanovena pomocí softwaru Arlequine.
Celkem bylo nalezeno 8 sekvenčních variant (c.66A-->C; c.74C-->T; c.133G-->A; c.154C-->T;+1G-->A 5'splice site; c.16G-->T; c.61G-->A; c.63C-->T). Tři varianty byly velmi vzácné.
Nicméně, byla nalezena významná asociace mezi alelami TTTTA(n) repetice a pěti testovanými polymorfními variantami (P<0.0023).