Endarterektomie krčních tepen je jedním z nejčastějších výkonů cévní chirurgie. Pooperační průběh je obvykle nekomplikovaný.
U pacientů může v období po výkonu dojít k neurologickým komplikacím, které se manifestují jako cévní mozková příhoda, hyperperfuzní syndrom a řídce se vyskytující křečové stavy. Oběhová nestabilita po operaci zahrnuje hypertenzi, méně často hypotenzi a poruchy srdečního rytmu.
Akutní ischémie myokardu se může vyskytnout u nemocných s ischemickou chorobou srdeční. K dalším komplikacím patří krvácení v operační ráně, které může vést k obstrukci dýchacích cest a poškození funkce nervů, které se nacházejí v operované oblasti.