Normální diferenciace hematopoetických buněk je řízena na úrovni transkripce, během které specifické transkripční faktory rozpoznají specifickou DNA prostorově sbalenou nukleoproteinovou strukturu označovanou jako chromatin. Tento proces je významně deregulován během leukemogeneze a výsledkem je produkce klonálních vysoce proliferujících buněk se zablokovanou diferenciací.
Hlavními regulátory, které mají významnou roli v hematopoetickém buněčném selhání jsou transkripční faktory: GATA-1 a PU.1 a chromatin remodelující ATPasa: Smarca5.