V posledních dvou dekádách nastal významný pokrok v porozumění mechanizmům percepce času. Pro měření času v řádu stovek milisekund, které je převážně automatické, mozek využívá primární senzorické oblasti a síť skládající se ze suplementární motorické oblasti, primární senzomotorické oblasti a mozečku.
Měření supra-sekundových intervalů je kognitivní a závislé na kapacitě zaměřené pozornosti a pracovní paměti. Na jejich percepci se podílí síť skládající se ze suplementární motorické oblasti, dorzolaterálního prefrontálního kortexu a zadního parietálního kortexu.
Subjektivní pocit plynutí času je ovlivněn nejen řadou fyziologických okolností, jako je věk, okamžité zaměření pozornosti či intenzita a valence prožívaných emocí, ale i účinkem psychoaktivních látek, jako jsou halucinogeny nebo amfetaminy, a patologických stavů jako jsou Parkinsonova nemoc, schizofrenie, porucha pozornosti s hyperaktivitou nebo fokální léze mozkových struktur , například mozečku, prefrontální kůry nebio bazálních ganglií