Indikací k zahájení systémové antimykotické léčby jsou refrakterní tinea pedis mokasínového typu a onychomykóza postihující nehtovou matrix. Terbinafin je vhodný na čistě dermatofytické infekce, itrakonazol na kvasinkové, smíšené nebo oportunní infekce.
Vzhledem k potenciální hepatotoxicitě a možnosti lékových interakcí je třeba systémová antimykotika indikovat uvážlivě s ohledem na poměr prospěchu a rizika u individuálního pacienta.