Nové teorie o patofyziologii deprese a mechanismech účinků antidepresiv předpokládají, že určující úlohu ve vyšších mozkových funkcích narušených při poruchách nálady mají změny v nitrobuněčných signálních cestách projevující se narušením neuroplasticity. Primárním regulátorem těchto procesů mohou být mitochondrie.
Předpokládá se proto, že mitochondriální dysfunkce jsou zahrnuty v patofyziologii poruch nálady. Mitochondriální hypotéza bipolární afektivní poruchy koresponduje s hypotézou neurotrofní a hypotézou neuroplasticity, a to především vzhledem k významné úloze mitochondrií v buněčné energetice, regulaci kalciových signálních cest, produkci kyslíkových radikálů a apoptóze, tedy v procesech určujících synaptickou plasticitu, poškození, obnovu, přežití či smrt neuronů.